大殿正中供奉的是御赐佛像毗卢遮那佛，汉译大日如来，是佛教密宗的最高神抵。其两旁是五代王审邽修大殿时增塑的四尊大佛，依次为东方香积世界阿閦佛，南方欢喜世界是宝生佛，西方极乐世界阿弥陀佛，北方莲花世界成就佛，合称五方佛，也叫五智如来。这五尊大佛金光闪烁，衣纹清晰，神容慈祥，法相庄严，双手分别作说法、施与、接引、禅定等相，工艺精巧，令人叹绝。五方佛的胁侍有文殊、普贤、阿难、迦叶以及观音、势至、韦驮、关羽、梵王、帝释等诸天菩萨、护法神将共 10尊。在大殿后正中供奉着密宗六观音的首座圣观音以及善才、龙女和两翼神态各异的十八罗汉。开元寺历代住持皈宗不一 ：有法相宗、律宗、净土宗、密宗、禅宗等宗派，而大殿却能保持这种罕见的规制，这既值得夸耀，也是值得研究的。
大雄宝殿还有一个“百柱殿”的雅称。全殿原计划设立柱子一百根，后来因为需要放置佛像和腾出给佛教徒朝拜的地方，便加长了珩梁，减少了立柱，成为86根柱子的“百柱殿”。崇祯十年

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