（公元1637年）右参政、按察使曾樱与总兵郑芝龙重修开元寺紫云大殿时，将其中木柱全部换成石柱。百柱殿的柱子形式丰富多彩，有宋、元、明各时期的海棠花式柱、圆柱、方柱。楞梭柱、蟠龙柱等。尤其是殿后廊檐间那对16角形辉绿岩石柱，雕刻着古代印度和 锡兰流传的古印度教大神克里希那的故事和花卉图案24幅，引起中外学者的极大兴趣。它与殿前月台须弥座束腰处的72幅辉绿岩狮身人面像和狮子浮雕，同为修殿时从已毁的元代主印教寺移来的。它们是宋元时期泉州海外交通繁荣发达，中外文化友好交流的历史见证。 
在五方佛前石柱和珩梁接合次，有两排相向的 24尊体态丰腴、纹饰华丽、色彩斑斓，双翼舒展的天女，梵文“频伽”（即妙音鸟）。据佛经说：此鸟发声微妙，仙音优雅，连歌神紧那罗都不及她。他们原是佛的侍者，而能工巧匠们把她们的下半身嵌人柱榫里，翼胁之下爪足外露，上半身向前伸出，昂首挺胸，短衣半袒，樱洛圈胫胚，双臂伸展，腕着驯镯，手棒文房四宝，瓜果点心，丝竹管弦，翩翩若仙。他们不但给人以美的艺术享受，而且用以代替斗拱，依托粗大的珩梁，减少其过大的跨度，极为巧妙地将宗教、艺术与建筑融合起来，令人称绝。
百柱殿的后侧西边，是据说开过白莲花的千年老桑树，即“桑蓬古迹”。看到它老态龙钟的样子，大家都相信它已有一千多岁高龄了，对其是否开过白莲花大多不去追究了。不过，在老桑树下，立有一块古老的石碑，言之凿凿，似乎确有其事。在 1925年的一次雷雨中，老桑树被雷电一劈为三，其中一技坠落在地上，于是僧人们将其用一块花岗岩托起，并镌一对联“此对生莲垂拱二年，支令勿坏以全其天“，老桑树果然奇迹般地活了下来，而且枝繁叶茂，青春焕发。前几年，大风将树于从托石上吹落地，末等人们再次扶植，
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