圣保禄教堂属圣保禄学院。天主教的耶稣会士早在1565 年已在圣安多尼堂侧建立起第一间会院，后又在大三巴山上修建新会院，并附设教堂和供讲授教理之用的学校。至1594 年，该学校升格为学院（当时的大学），成为远东地区最早的一所西式大学，这就是著名的圣保禄学院。

　　与圣保禄学院毗连的圣保禄教堂，创建于1580 年，于1595 和1601年先后两次失火，教堂焚毁。1602年开始第三次重建，现在牌坊左侧还存有当时的奠基石。整个建筑工程直至1637-1640年间才完全竣工；目前所见的教堂前壁就是最后落成的部分。1835 年，一场大火烧毁了圣保禄学院及其附属的教堂，仅剩下教堂的正面前壁、大部份地基以及教堂前的石阶。自此之后，这里便成为世界闻名的圣保禄教堂遗址。

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