普宁寺建筑风格独特，它吸收并融合了汉地佛教寺院和藏传佛教寺院的建筑格局，南半部为汉地寺庙的“七堂伽蓝”式布局:中轴线上依次分布着山门、天王殿、大雄宝殿等殿堂;两侧为钟鼓楼和东西配殿，南北长150米，宽70米。北半部为藏式寺庙建筑:以大乘阁为中心，周围环列着许多藏式碉房建筑物——红台、白台以及四座白色喇嘛塔。

　　清朝末年，普宁寺随着清政府的衰落而衰败。北洋军阀统治时期，军阀盗走大量珍贵文物和佛像。抗日战争时期，日军从外八庙盗走大小金、银、铜佛143尊，殿内用品

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