瞿昙寺珍藏有十分丰富的文物，琳琅满目，不胜枚举。弥足珍贵者如明皇帝所赐的御碑，明清时的十多方匾额，御制的金印、银印、铜印、象牙图章、象牙佛珠、檀香木佛珠，石雕米拉日巴像，明青铜巨钟等。寺内约800平方米的壁画，在国内藏传佛教壁画中历史最为久远。寺内的画廊在当地民间被称为“七十二间走水厅”，由中殿(宝光殿)开始，自两侧拾级而上，有斜廊相接，连檐通脊，高低错落有方，下有排水暗道，为瞿昙寺建筑艺术中最具特色的建筑之一。画廊内壁画面积有370多平方米，描绘了释迦牟尼从降生到圆寂的生平经历，画技高超，层次分明，生活气息浓厚。画面采用矿石颜料绘制，虽经600多年风雨，仍艳丽如新。