哲蚌寺是明永乐十四年开始兴建的。哲蚌寺建成后，很快发展为格鲁派寺院中实力最雄厚的寺院。公元1464年, 哲蚌寺建立僧院，传授佛教经典。寺内有七个扎仓（又叫僧院），哲蚌寺僧人最多的时候竟达7000多人。
　 该寺是历世达赖喇嘛的母寺。三世达赖索南嘉措于1546年作为该寺的第一个活佛被迎请入寺。后来他应蒙古俺答汗的邀请，到青海讲经传法。明万历六年（1578），俺答汗赠以“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”的尊号，达赖喇嘛一称即始于此。索南嘉措得此尊号后，又追认其前两世为第一、二世达赖喇嘛。五世达赖罗桑嘉措受清朝册封之前，一直住在该寺。由

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