昌都强巴林寺位于昌都镇内的四级台地上。该寺建立于明朝年间，是宗喀巴改革西藏佛教以后，他的弟子喜绕松布于公元1444年创建的。。按格鲁教派规定，昌都寺可拥有僧人二千五百人。宗喀巴一三七三年入藏途经昌都时曾预言，将来在此地定能兴寺弘佛。后来到公元一四三七年（明英宗正统二年）宗喀巴的弟子喜饶桑布在这昂曲和杂曲两水间雄鹰落地式的岩岛上倡建寺庙，寺内主佛为强巴（大慈）佛，故对该寺的起名为昌都强巴林寺。该寺在昌都地区佛教格鲁派寺院里算是最大的。它下分五个扎仓：林堆、奴林、库秋、夹惹卡巴等、这里曾由格鲁派的祥雄曲旺扎巴、楚顿朗卡白，年堆冲贡嘎扎西、三世达赖索朗加措等著名的高僧主持过该寺，这年闻名全藏的昌都强巴林寺传达承十三世堪布。后由帕巴拉三世通娃顿丹起传承世代主持该寺，到那时，该寺在康区已有一百三十个分寺，多集中于昌都、察雅、八宿、硕板多、桑昂曲及波密地区。